L’abbazia benedettina di San Benedetto a Polirone venne fondata all’inizio dell’XI secolo da Tedaldo di Canossa, trasformando in cenobio una precedente basilica dedicata a santa Maria, san Benedetto, san Michele Arcangelo e san Pietro. Posta quindi sotto la tutela imperiale con Enrico III (1043) e affidata da papa Gregorio VII all'abate Ugo di Cluny (1077), durante la lotta per le investiture, una delle abbazie di maggior importanza politica e strategica, in quanto centro cluniacense filo-matildico e filo-gregoriano. La contessa Matilde di Canossa la fece difatti oggetto di frequentissime donazioni e ivi volle essere sepolta, tant’è che all’inizio del XII secolo il cenobio conobbe probabilmente l'apice del potere politico ed economico. Ancora piuttosto oscuri risultano invece i secoli XIII e XIV, mentre tra la fine del XIV e gli inizi del XV secolo esso si trovava in una profonda crisi, dal momento che le fonti lo descrivono addirittura in rovina. Accadde così che papa Martino V decise di affidarlo in commenda al protonotario apostolico Guido Gonzaga il quale, nel 1420, lo aggregò alla Congregazione di Santa Giustina di Padova. Da questo momento prese avvio una vera e propria rinascita di San Benedetto, che tornò a ricevere donazioni, ad accrescere la biblioteca e l'attività del già famoso scriptorium. Iniziarono quindi i lavori che trasformarono la vecchia chiesa in un edificio ricco di stilemi gotici, con volte a crociera ogivali nella navata centrale, una serie di quattro cappelle per lato e un tiburio esterno ottagonale. Nel XVI secolo questi lavori si allargarono in una vasta opera di restauro e abbellimento delle strutture edilizie secondo i canoni dell'epoca. Divenuto difatti abate del monastero Gregorio Cortese decise, tra l’altro, di dare esecuzione alle disposizioni inserite in alcuni lasciti testamentari che auspicavano la costruzione di una nuova chiesa, introducendo tuttavia una sostanziale modifica: non si sarebbe costruito un nuovo edificio (troppo costoso per le reali possibilità economiche dell’ente), ma si sarebbe ristrutturato quello antico. Il progetto venne allora affidato a Giulio Romano, già da tempo attivo presso la corte dei Gonzaga, il quale, grazie anche all’intercessione del cardinale Ercole Gonzaga, accettò l’incarico e tra il 1539-1540 vennero avviati i lavori. Nello specifico, egli riedificò senza demolire le vecchie strutture romaniche e gotiche, elemento fondamentale per l’identità della chiesa antica, adottando soluzioni originali per far convivere diversi stili architettonici creando un insieme raffinato ed omogeneo. Un intervento che si concluse nel 1547 con la cerimonia della nuova consacrazione della chiesa. Successivamente la storia di San Benedetto a Polirone è fatta di saccheggi perpetrati dagli eserciti stranieri impegnati nella conquista del ducato di Mantova, di danni provocati dagli straripamenti del Po e di debiti, al punto che nel 1633 l'abate Ippolito Andreasi si vide costretto a vendere a papa Urbano VIII una parte della prestigiosa biblioteca e i resti di Matilde di Canossa (oggi sepolti a Roma, nella basilica di San Pietro). Una ripresa, seppur modesta, cominciò a intravedersi nel XVIII secolo (quando il complesso era sotto il controllo di austriaci e francesi), grazie all'opera di due importanti personalità: Maria Teresa d’Austria e l'ultimo abate Mauro Mauri, che cercò di far fronte al rischio della soppressione promuovendo, tra il 1790 e il 1797, alcuni importanti interventi. Vennero allora restaurati vari ambienti, sistemati la biblioteca e l'archivio, arricchita la pinacoteca con antiquaria e stampe, nonché creata un'Accademia letteraria, al fine di evitare la chiusura prevista per quegli enti ecclesiastici che non risultassero di pubblica utilità. Nonostante l'impegno profuso, nel marzo del 1797, con l'arrivo delle truppe napoleoniche, giunse la tanto temuta soppressione e la vendita del patrimonio artistico del complesso: la celebre biblioteca finì in gran parte alla Biblioteca di Mantova, l'archivio fu disperso, mentre gli edifici conobbero un progressivo degrado. Oggi quel che rimane del complesso monastico ospita in parte il Museo Civico Polironiano.